Минусинский городской архив образован в 1925 году как Минусинское окружное архивное бюро. В 1930 году бюро преобразовано в городской архив, в 1935 году – в Минусинское отделение Государственного архива Красноярского края, в 1941 году – в филиал Государственного архива Красноярского края, в 1992 году в Минусинский городской муниципальный архив, в 1994 году – в архивный отдел администрации г. Минусинска. В 2006 году архивный отдел преобразован в муниципальное учреждение «Архив города Минусинска», с 2011 года – это муниципальное казенное учреждение города Минусинска «Архив города Минусинска».
Наиболее ценная часть информационного массива архивных документов – 127 дореволюционных фондов (16044 дел). В фондах административно-полицейского управления, волостных правлений за 1794-1920 гг. имеются сведения по истории образования, социально-экономического развития города Минусинска, волостей. Фонды переселенческих управлений за 1821–1923 гг. отражают переселенческое движение из центра России, возникновение новых селений, волостей на юге Енисейской губернии. Сохранились документы о ссыльных декабристах П.И. Фаленберге и А.Ф. Фролове, русском революционере М.В. Буташевиче-Петрашевском, участниках польских восстаний.
История Русской православной церкви на юге Енисейской губернии представлена в фондах церквей и Минусинского благочиния различными видами документов. К наиболее востребованным документам относятся метрические книги церквей Минусинского округа (уезда) за 1802–1920 гг. с записями актов гражданского состояния: рождения (крещения), бракосочетания (венчания), смерти (погребения).
Становление и упрочение советской власти, Гражданская война, социалистическое строительство на территории уезда и Хакасии отражены в фондах Советов рабочих, крестьянских и красноармейских депутатов, ревкомов, волостных и сельских Советов. Имеются документы о деятельности большевиков (И.Ф. Колеватова, С.К. Сургуладзе, К.Е. Трегубенкова), о советском писателе В.С.Яне (Янчевецком). В некоторых фондах сельских Советов имеются посемейные списки за 1914–1933 гг., похозяйственные книги за 1922–1946 гг.
Деятельность органов местного самоуправления более позднего периода представлена фондами исполкомов городского и районного Советов народных депутатов, администрации города Минусинска, Минусинского района и их структурных подразделений.
Документы промышленных предприятий характеризуют мелкое кустарное производство первых лет советской власти, постепенный переход к фабрично-заводской промышленности, главным образом, пищевой, обувной, швейной, деревообрабатывающей. Имеются документы о развитии горнорудной и золотодобывающей промышленности первой половины ХIХ века.
История землеустройства и развития сельского хозяйства отражена в фондах земельных управлений, сельскохозяйственных артелей, коммун, колхозов и совхозов.
Имеется значительный объем документов по ликвидации неграмотности, истории образования, здравоохранения, культуры, общественно-политической жизни города и района и др.
В архиве хранятся 20 фондов личного происхождения. Фонды дореволюционного периода представлены документами минусинской купчихи М.С. Беловой за 1819–1886 гг., участника польского восстания 1863 г. В.С. Корженевского, горного инженера И.С. Боголюбского за 1703–1896 гг. В фондах советского и постсоветского периода сосредоточены документы известных участников Гражданской и Великой Отечественной войн, тружеников тыла и общественных деятелей.
Научно-техническая документация (карты, планы, схемы) находится, в основном, в фондах по земле- и лесоустройству, отделов архитектуры и градостроительства, колхозов и совхозов.
Наибольшая часть фотодокументов (позитивы, негативы) за 1967–2002 гг. получена от редакций газет «Власть труда», «Надежда»; по истории речного пароходства за 1908–1984 гг. – от краеведов Минусинской ремонтно-эксплуатационной базы флота.
Документы постсоветского периода отражают ликвидацию многих промышленных и сельскохозяйственных предприятий.